一休はこれまで、現地決済では10％、事前決済では13.5％の送客手数料を徴収していた。3.5％相当額は事実上の決済手数料であるにも関わらず、Go To トラベルキャンペーンによる政府からの補助額にも、本来は必要ない手数料を徴収していることを本誌が12月5日付けで報じた後、業界団体などが問題視し、観光庁や一休に改善を申し入れていた。
Go To トラベルの終了時まで、送客手数料と決済手数料を他の大手オンライン旅行会社と同様に分離し、Go To トラベルの補助額を含む宿泊料金全体の10％と、補助額を除いた金額の3.5％を合算した金額とする。一時的に変更前の送客手数料を徴収し、後日差額分を返金する。宿泊料金が10,000円（Go To トラベルの補助額3,500円含む）の場合、従来は1,350円を徴収していた送客手数料が、1,227円に減額される。
対象となる予約は2021年1月実績分からで、Go To トラベルキャンペーンが開始された7月22日に遡った返金は行わない。一休が通知したメールでは、「昨今の新型コロナウイルス感染拡大等にける宿泊施設様への影響に鑑み」た特別措置であることを強調し、不適切な送客手数料の徴収について、お詫びする文言はなかった。一休はこの他に、宿泊予約サイト「ヤフートラベル」との在庫連携も行っており、同様の手数料を徴収している。
